• Українська
  • English

< | >

Список № 10 Том. 61    УФЖ 2015, Том. 61, № 10, стp. 892-898
         Стаття тільки англійською

Єсилевський C., Березецька Н., Оленчук М.

Institute of Physics, Nat. Acad. of Sci. of Ukraine
(46, Prosp. Nauky, Kyiv 03680, Ukraine)

Порівняння емпіричних силових полів для бактеріохлорофілу: вплив на гідратацію та повільну динаміку бактеріальних фотосинтетичних центрів

Розділ: М'яка речовина
Оригінал тексту: Англійський

Абстракт:  Вибiр адекватного силового поля для фотосинтетичних кофакторiв є основною передумовою проведення реалiстичного моделювання бактерiальних та рослинних фотосинтетичних центрiв. В цiй роботi порiвняно два набори параметрiв для бактерiохлорофiлу у симуляцiях методом молекулярної динамiки довжиною 200 нс фотосинтетичного центру бактерiї Rhodobacter Sphaeroides у мембранному оточеннi. Показано, що найбiльш популярний набiр параметрiв продукує артифакти у положеннях та орiєнтацiях кофакторiв. Також показано, що гiдратацiя кофакторiв може сильно змiнюватися в залежностi вiд використаного силового поля. Надано рекомендацiї щодо подальшої розробки силових полiв для фотосинтетичних кофакторiв.

Ключові слова:  бактеріальні фотосинтетичні центри, Rhodobacter Sphaeroides, молекулярна динамiка, силове поле, гiдратацiя кофактору.